Na jednym akwenie legi może odbyć aż kilkadziesiąt par ptaków. Na tak duże zagęszczenie nie pozwalają sobie łabędzie nieme, które mocno bronią swojego terytorium. Dziś gnieździ się ich tu ponad 100 par. Aż trudno uwierzyć, że tuż po II wojnie światowej były tu prawdziwą rzadkością. Włodzimierz Puchalski w swej książce - albumie "W krainie łabędzia", opisuje jak trudno było wówczas znaleźć na stawach milickich tytułowego bohatera. Duże zagęszczenie w koloniach służy natomiast mewom śmieszkom. Budują na stawach kolonie i w jednej tylko z nich może być ponad 2500 gniazd. Z gościny mew korzystają dodatkowo liczne kaczki, takie jak krzyżówki, głowienki, czernice, a także podgorzałki i krakwy oraz perkoz zausznik. W takiej licznej gromadzie czują się bezpiecznie.Kolonie, choć już nie tak liczne, bo złożone z kilkunastu do kilkudziesięciu gniazd, zakłada także rybitwa rzeczna i rybitwa czarna.

Z kolei na drzewach, na wyspach stawów, budują w koloniach gniazda czaple siwe i kormorany. Czynią to ku prawdziwemu utrapieniu rybaków, gdyż żywiąc się rybami, są dla nich głównymi szkodnikami na stawach hodowlanych. Doskonałe miejsce do gniazdowania wśród trzcin stawów i na przyległych do nich niedostępnych mokradłach ma żuraw. Wczesną wiosną w dolinie rozlegają się przepiękne hejnały i duety pochodzące od ponad 50 par.

Rozległe łany trzcin stwarzają także dobre warunki dla gniazdowania licznej populacji bąka, oraz dla par drapieżnego błotniaka stawowego. Wiele zagrożonych gatunków ptaków znajduje też ostoję w rozległych lasach doliny Baryczy. Są to mianowicie: bielik, kania ruda i rdzawa, oraz bocian czarny. Po intensywnym okresie lęgów następuje leniwe lato, które dla wielu ptaków wodnych jest okresem wymiany piór. Łabędzie, gęgawy i kilka gatunków kaczek gromadzą się w okresie późnej wiosny oraz latem w duże stada na największych stawach milickich na tzw. pierzowiska.

Duże akweny w rezerwacie zapewniają bezpieczeństwo nie latającym wówczas ptakom.  Już od początku lipca zaczynają się przeloty ptaków, które osiągają swoją kulminację jesienią. Dzięki licznym zbiornikom wodnym, rozdzielonym groblami, w dolinie Baryczy znacznie łatwiej niż gdzie indziej jest obserwować przeloty dużych ptaków wodnych i błotnych. Na niektórych stawach obserwować można niemal jednogatunkowe stada płaskonosa, krakwy, cyraneczki lub świstuna, liczące do kilkuset osobników. Pływają też w rozproszeniu cyranki, gągoły i rożeńce.

Poza gęgawą, od połowy września i w październiku zjawiają się duże stada gęsi zbożowych. Jedno stado może  liczyć nawet 4000 osobników. Często towarzyszą im stadka gęsi białoczelnych, nieraz liczące ponad 100 osobników. Wieczorem ptaki zlatują się na najrozleglejsze stawy. Jeżeli staw ma płytkie miejsca lub wyspy w dużej odległości od brzegu, na noclegowiskach gęsiom towarzyszą żurawie. Jesienny przelot tych ptaków obserwuje się od połowy września niemal do końca listopada, ale najwięcej osobników notuje się w październiku. Obserwacja jesiennych zlotów gęsi i żurawi, od zachodu słońca aż do zmroku, stwarza niezapomniane wrażenie, potęgowane jeszcze specyficznymi i donośnymi głosami tych ptaków. Jesień to pora połowów ryb.

Na opróżnionych z wody stawach pojawiają się ptaki z podrzędu siewkowców. Żyzne dno stawów stanowi dla nich namiastkę wybrzeży morskich, na których od tysięcy lat ptaki te zatrzymują się podczas wędrówek. Linia styku cofającej się wody z dnem stawu jest najlepszym miejscem do żerowania, tu jest najwięcej bezkręgowców wodnych, które są łakomym kąskiem dla brodźców, siewek, biegusów, bekasów i kulików.